Como todos los monasterios construidos por los cristianos coptos en el Mar Rojo, San Antonio destaca por el poderoso muro que rodea sus instalaciones, alcanza una altura de 12 metros. Debemos tener en cuenta que durante los primeros siglos del cristianismo los adeptos a esta nueva fe fueron sometidos a persecuciones, los cristianos coptos optaron por construcciones de este tipo que aseguraban una fácil defensa.

El primer asentamiento se remonta al siglo III (época Bajo imperial); en el siglo IV se hicieron notables ampliaciones que se fueron sucediendo en siglos posteriores. Cabe destacar los restos de pinta mural, los más antiguos son del siglo IX, ejemplifican la típica iconografía del cristianismo en Egipto, destaca el gusto por la representación heroica de los santos y de los arcángeles Miguel y Gabriel que alcanzaron considerable devoción entre los cristianos coptos.